Die Frauenklinik bildet gemeinsam mit der Pädiatrie im Hause einen Perinatalen Schwerpunkt. Bei einer Geburtenzahl von ca. 950 jährlich wird ein großer Anteil Risikoschwangerer betreut (Duplex-/ 4 D-Sonografie). Das gynäkologische Spektrum der Klinik umfasst die Senologie, die gynäkologische Onkologie mit interdisziplinären Radikaloperationen und ein Beckenbodenzentrum mit eigenem urodynamischem Messplatz sowie ausgedehnten MIC-Operationen (LASH, LAVH, TLH).
Das Brustkrebszentrum Kaufbeuren ist nach Kriterien der Deutschen Krebsgesellschaft und der Gesellschaft für Senologie zertifiziert.